L'association Nexus se bat pour conserver les lignes ferroviaires actuellement en place dans l'Ile de Nantes et à Malakoff et qui relient la gare de l'Etat à la gare de Nantes. Elle propose que ces lignes ferroviaires soient convertis en un réseau intra-urbain présenté comme une solution moins chère que la création, ex-nihilo, d'une nouvelle ligne de tramway.
L'association Nexus, qui regroupe professionnels du transport et usagers, travaille en réseau dans plusieurs villes : en Bretagne à Nantes et en France à Angers, Cholet, la Roche-sur-Yon dans le Bas-Poitou.
En substance, elle propose d'utiliser le nœud ferroviaire derrière le quartier Malakoff pour créer deux stations : Malakoff Océan, à l'ouest, et Malakoff-Loire, à l'est, toutes deux placées côté fleuve et reliées par une navette aérienne à la gare de Nantes. L'association souligne la position centrale de Malakoff et son rôle possible d'avant-gare pour désengorger Nantes et faciliter les correspondances vers la Vendée et l'Anjou.
De plus, elle propose de conserver la ligne ferroviaire qui relie Nantes – Orléans à l'ancienne gare de l'Etat, sur l'île, et en faire une ligne de transport interurbaine, en correspondance avec les lignes 2 et 3 du tramway et ligne 4 du busWay qui traversent l'île. Pour désenclaver la partie ouest, une liaison nord enterrée est proposée pour rejoindre le tunnel de la ligne Nantes-Saint-Nazaire sous la butte sainte-Anne, et une liaison sud est envisagée pour rejoindre la ligne à voie unique du réseau de l'Etat vers Saint-Gilles Croix de Vie et Pornic.
L'association propose donc une alternative à la reconstruction de la gare annoncée par voie de presse : un projet dont seule une petite partie des fonds profiterait vraiment à l'amélioration du transport pour les usagers et pointe la sous-utilisation du raccord ferroviaire reliant l'ancienne gare de l'Etat à Nantes-Orléans : il ne sert que pour quelques trains de fret chaque semaine.
La municipalité projette la création d'une 5e ligne de tramway qui irait desservir le CHU s'il déménage à la pointe ouest de l'île. Cette ligne passerait à la place de l'ancienne ligne ferroviaire, préalablement démontée. Il apparaît donc que le maintien de la ligne ferroviaire actuelle et sa transformation en ligne intra-urbaine de transport de voyageurs, moyennant l'ajout de quais et d'escaliers sur l'emprise RFF, est une solution à moindre frais pour donner enfin à l'Ile de Nantes une desserte urbaine digne du centre-ville de la capitale de la Bretagne.
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